Le culte est une manifestation communautaire au cours de laquelle les protestants expriment et confortent leur foi par des prières, des cantiques, des lectures bibliques commentées et actualisées, et selon une fréquence variable, par la célébration de la sainte cène. Il n'y a pas une forme de culte réglementaire, mais une diversité de formes. Il n'y a pas de culte idéal, ni de lieu ou de temps exclusif pour le célébrer. Il se déroule en général le dimanche matin dans un temple.

Le culte est généralement célébré par le pasteur. La présence au culte n'est pas obligatoire mais elle montre que la foi ne se vit pas uniquement dans une relation intime et individuelle avec Dieu. Le culte se présente comme un partage, utile au maintien et à l'approfondissement de la foi.

L'essentiel du culte réside dans la Parole qui est adressée au fidèle: une parole qui n'est pas la sienne, qui ne vient pas de sa pensée ni de son coeur. Au cours de la prédication, quelque chose vient à lui. La parole qu'il entend est très humaine, mais à travers elle, le fidèle perçoit une Parole beaucoup plus profonde, à la fois plus ancienne et plus nouvelle: une « Parole de Dieu ».

La paroisse du quai Marcellis s'inspire de la liturgie réformée.

Au moyen de textes et cantiques, l'assemblée redit rituellement les fondements de la foi biblique: la grandeur divine, la parfaite dignité humaine, l'appel à mener une vie conforme aux préceptes de l'Evangile et la reconnaissance de la fragilité humaine. Une place est réservée à la prière d'intercession, par laquelle la communauté exprime son souci de ceux qui souffrent. L'offrande permet à chacun de participer aux oeuvres et de soutenir les activités paroissiales.

Au cours de la célébration du repas de la cène (le premier dimanche du mois dans la paroisse du quai Marcellis), mémorial du dernier repas de Jésus avec ses disciples, les fidèles affirment leur adhésion à l'enseignement de Jésus de Nazareth, recherchent Dieu à travers tous et chacun, et redisent leur communion avec la communauté de foi. C'est le moment où chacun expérimente qu'il est membre de ce "corps" qu'on appelle "Eglise".